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Geschichte von 1990 bis 2000
Das 100.000. Mitglied tritt dem Bund Naturschutz bei. Die 1990er und 2000er-Jahre sind im Unterschied zu den 1970er und 80er Jahren geprägt durch neue politische Aktionsformen wie Volksbegehren und Großdemonstrationen und den weiteren Protest gegen Großprojekte wie das geplante Kohlekraftwerk Franken III oder den Donauausbau. Zu den wichtigsten Themen gehören Gentechnik, ökologischer Landbau, Bioprodukte, Müllverbrennung, alternative Energien, Verkehrspolitik (ICE-Trassen) sowie Straßenbauvorhaben.
Die Basis des BN verdoppelt sich in den 1990er Jahren nochmals fast von knapp 90.000 im Jahre 1990 auf etwa 169.000 im Jahre 2000.
Wichtige politische Instrumente sind seit den 1990er Jahren Volks- und Bürgerentscheide. Der Volksentscheid für "Das bessere Müllkonzept" geht 1991 mit 43,5 Prozent Ja-Stimmen nur knapp verloren, erreicht aber immerhin ein neues bayerisches Abfallwirtschaftsgesetz.
Auch der Biotop- und Artenschutz gewinnt wieder an Bedeutung. In Mittelfranken stellt der BN zum Beispiel ein Bioindikatoren-Programm für einen ganzen Regierungsbezirk vor, das als Frühwarnsystem ausgewählte Tier- und Pflanzenarten erfasst.
Die landesweite Bürgeraktion "Das bessere Verkehrskonzept" wird gegründet. Vor allem gegen Straßenbauvorhaben wie die Autobahnen A81 Schweinfurt-Erfurt, A73 Lichtenfels-Erfurt, A6 Amberg-Waidhaus, A93 Regensburg-Rosenheim, A94 München-Altötting und den Ausbau der A9 Nürnberg-Berlin wächst der Widerstand in der Bevölkerung, ebenso gegen die ICE-Strecken München-Nürnberg und Nürnberg-Erfurt. Mit seiner Klage gegen die B15neu(Regensburg-Landshut ist der BN 1994 erfolgreich: Der Europäische Gerichtshof stellt einen Verstoß gegen die EU-Richtlinie zur Umweltverträglichkeitsprüfung fest - ein Präzedenzfall für die gesamte Bundesrepublik.
Der Volksentscheid „Mehr Demokratie in Bayern“ über Bürgerbegehren auf kommunaler Ebene ist erfolgreich und bietet neue Chancen für den Natur- und Umweltschutz. Der BN hatte sich für dieses basisdemokratische Instrument seit 1982 eingesetzt. Das erste vom BN initiierte Bürgerbegehren geht von der Ortsgruppe Wallerfing im Landkreis Deggendorf aus und hat die Frage einer zentralen oder dezentralen Trinkwasserversorgung zum Thema. In den ersten zwei Jahren nach Einführung leiten die Kreis- und Ortsgruppen des BN über 50 Bürgerentscheide ein oder unterstützen diese.
Das Steinkohlekraftwerk Franken III bei Erlangen, gegen das der BN jahrelang unter der Federführung der Erlanger BN-Kreisvorsitzenden und stellvertretenden Landesvorsitzenden Doris Tropper und dem damaligen BN-Energiereferenten Dr. Ludwig Trautmann-Popp gekämpft hat, ist endgültig gescheitert. Der BN intensiviert seit Mitte der 1990er Jahre die Förderung regenerativer Energien. So baut die Kreisgruppe Hof ein BN-eigenes Windkraftwerk auf, der Landesverband startet seine bayernweite Solaraktion.
Im bayerischen Landeshaushalt sind 1995 erstmals Gelder für Umweltstationen vorgesehen. Der BN errichtet in der Folgezeit zusätzlich zu Wartaweil und Wiesenfelden mehrere derartige Umweltstationen als „Lern- und Erlebnisräume für Naturerfahrung, Erlebnispädagogik und Umweltbildung“.
Die Delegiertenversammlung des BN verabschiedet die Grundsatzposition "Zukunftsfähiges Bayern" für ein Wirtschaftsmodell im Einklang mit der Natur, basierend auf der von BUND und katholischem Hilfswerk Misereor in Auftrag gegebenen Studie "Zukunftsfähiges Deutschland".
Im März zieht die BN-Landesgeschäftsstelle von München nach Regensburg um.
Der Nationalpark Bayerischer Wald wird auf Initiative des BN auf das Doppelte seiner Fläche erweitert. Zudem wird nach 30-jähriger BN-Lobbyarbeit die Wildflusslandschaft an der Unteren Ilz unter Naturschutz gestellt.
260.000 Wahlberechtigte setzen sich mit ihrer Unterschrift für die Zulassung des Volksbegehrens "Gentechnikfrei aus Bayern" ein. Vertrauensfrau des Volksbegehrens ist die stellvertretende BN-Landesvorsitzende Doris Tropper. Der Volksentscheid verfehlt im Folgejahr mit 436.345 gültigen Stimmen zwar klar das notwendige Quorum von 883.896 Unterschriften, demonstriert aber deutlich die geringe Popularität gentechnisch manipulierter Lebensmittel im Freistaat.
Unter der rot-grünen Bundesregierung (1998-2005) wird die von BN und BUND geforderte Steuerreform eingeführt. Der BN unterstützt die Umweltpolitik der Bundesregierung unter anderem mit der Postkartenaktion „Ja zur Ökosteuer“ im Jahr 2000.
Mit dem im selben Jahr beschlossenen Ausstieg aus der Atomenergie sowie der 2001 eingeleiteten Agrarwende werden langjährige Forderungen des BN zum Teil verwirklicht.